Kekse sollte man immer vollständig erkalten lassen (z. B. auf einem Kuchenrost), bevor man sie in gut schließenden Dosen lagert. Durch das Lagern werden die Kekse saftiger und aromatischer.
Kekse, die knusprig bleiben sollen, werden sofort in gut schließende Dose gegeben.
Kekse, die weich werden sollen, lässt man bis zur gewünschten Konsistenz an der Luft stehen; erst danach in Dosen mit lose aufgelegtem Deckel legen.
Wenn Sie mehrere Keks-Sorten in eine Dose geben wollen, achten Sie darauf, dass es sich um Gebäck gleicher Art handelt. Auch hier ist es gut, die verschiedenen Sorten durch Alufolie oder Backpapier zu trennen. Kekse mit aromatischen Gewürzen (z. B. Vanillekipferln oder Anisbögen) gesondert lagern, da sich die Aromen sonst vermischen.
Kekse sind - abhängig von der jeweiligen Füllung - bei kühler, trockener und dunkler Lagerung ca. 3-4 Wochen haltbar. Trotzdem sollte aber auch die Lagerung der Kekse in regelmäßigen Abständen kontrolliert werden.
Kekse entwickeln erst 3-4 Tage nach dem Backen ihr volles Aroma.