Zur Lagerung von Lebkuchen eignen sich am besten gut schließende Dosen aus Metall oder Kunststoff. Bevor Lebkuchen verpackt wird, sollte er nach dem Backen auf einem Kuchenrost völlig erkalten.
In Dosen sollten die Lagen durch Backpapier getrennt werden. Alternativ kann man auch Butterbrotpapier verwenden. Ungeeignet ist Küchenkrepp (Küchenrolle), weil es Feuchtigkeit aus dem Gebäck aufsaugt und dadurch leichter austrocknet.
Stark gewürztes Gebäck wie Lebkuchen, Honigkuchen, Printen, Springerle und Aniskekse sollten immer getrennt voneinander und von anderen Sorten lagern, um ihren Eigengeschmack zu behalten. Durch die Gewürze nehmen andere Kekse das Aroma auf.
Damit Lebkuchen weich bleibt ist es wichtig ihn nicht zu lange zu backen. Lebkuchen wird bei ca. 190 Grad nur 8 -10 Minuten gebacken. Gebäckoberfläche und -boden sollten eine leichte Backfarbe haben. Bevor der Lebkuchen aus dem Backrohr genommen wird ein Stück einfach durchbrechen, es sollte innen auf jeden Fall weich sein und eine regelmäßige Struktur haben, so sieht man das der Lebkuchen genügend gebacken ist. Den vollständig erkalteten Lebkuchen zuerst in einer Dose mit lose aufgelegtem Deckel aufbewahren, bis die gewünschte Konsistenz erreicht ist ( ca. 1 Tag). Die Dose danach fest verschließen.
Um die weiche Konsistenz des Lebkuchens zu erhalten, ein Stück ungespritzte Mandarinen-, Orangen- oder Apfelschale oder eine Scheibe Brot neben das Gebäck legen. Durch die Fruchtschale bekommt der Lebkuchen gleichzeitig ein feines fruchtiges Aroma. Ganz wichtig ist es, die Schale bzw. Brotscheibe alle paar Tage auszutauschen, da sich sonst leicht Schimmel bilden kann (regelmäßig überprüfen).
Lebkuchen und Honigkuchen sind bei richtiger Lagerung ca. 4 - 6 Wochen problemlos haltbar. Lebkuchen nicht in beheizten Räumen aufbewahren. Optimal ist es Lebkuchen kühl und trocken zu lagern.
Nach ca. 4 Wochen beginnt Lebkuchen trocken zu werden. Daraus kann man dann z. B. ein Lebkuchen-Tiramisu zubereiten. Es ist auch möglich den Lebkuchen kurz davor in Plastiktüten umzupacken, so kann man das Austrocknen etwas verzögern. Aber auch hier gilt: In regelmäßigen Abständen die Lagerung der Kekse überprüfen.